「漢方薬は天然由来だから副作用がない」という言説は極めて危険な迷信です。柴胡桂枝乾姜湯を服用する上で、絶対に把握しておくべき医学的リスクがいくつか存在します。
第一に警戒すべきは、配合生薬である「甘草（カンゾウ）」に起因する偽アルドステロン症です。体内のカリウムが失われ、ナトリウムと水分が溜まることで、手足のだるさ、しびれ、筋肉のひきつり（こむら返り）、血圧の上昇、全身のむくみなどが引き起こされます。特に、市販の風邪薬、鎮痛剤、他の漢方薬（芍薬甘草湯や葛根湯など）を併用すると、甘草の1日摂取許容量を容易に超過して発症リスクが跳ね上がります。複数の処方を組み合わせる際は、必ず医師や薬剤師に全成分を確認させることが鉄則です。
第二に、極めて稀ではあるものの重大な副作用として間質性肺炎と肝機能障害が添付文書に明記されています。柴胡や黄芩を含む製剤において、発熱、から咳、息切れ、呼吸困難といった初期症状が現れるケースが報告されています。服用開始後に風邪でもないのに息苦しさを感じたり、皮膚や白目が黄色くなる黄疸、倦怠感が出現した場合は、直ちに服用を中止して医療機関を受診しなければなりません。
また、飲み合わせの観点では、西洋薬の精神安定剤（ベンゾジアゼピン系など）との併用は基本的に可能であるものの、自己判断で西洋薬を急激に断薬して漢方に切り替える行為は極めて危険です。離脱症状による激しい動悸や不眠を漢方の副作用と誤認し、治療計画が破綻する事例が後を絶ちません。
