横田めぐみの消息を巡っては、数々のメディアが独自の検証を行ってきた。中でも『NHKスペシャル』などの深層取材番組は、北朝鮮側が提示した「遺骨」とされる物質のDNA鑑定疑惑や、平壌市内での目撃情報に肉薄してきた。これに対し、国際政治ジャーナリズムの視点からは、なぜ北朝鮮が彼女の生存情報をひた隠しにし続けるのかという構造的な解明が試みられている。
一部の専門家やジャーナリストは、横田めぐみが北朝鮮指導部や特殊機関の最高機密に関わっていた可能性を指摘する。真相の追求はメディアの報道枠を超え、東アジアの安全保障と情報戦の深層へと及んでいる。NHKスペシャルをはじめとする調査報道が突きつけた疑問の数々は、今なお北朝鮮側の主張に対する強力な反証として機能している。