プライベートにおける城之内早苗の大きな節目となったのが、2004年12月の結婚です。当時36歳だった彼女が生涯の伴侶として選んだのは、フジテレビの演出家・プロデューサーとして活躍していた山本公樹（やまもと こうき）氏でした。
山本氏は『夕やけニャンニャン』をはじめとする数々の人気番組を手がけた敏腕スタッフであり、二人の出会いは番組放送当時にまで遡ります。ただし、番組終了直後にすぐ交際へ発展したわけではありません。おニャン子クラブ解散から長い歳月を経て仕事を通じて再会し、お互いの人柄や仕事への真摯な姿勢を深く理解し合う中で、自然と交際へと発展しました。報道各社による当時の会見でも、飾らない大人の信頼関係が大きな話題となりました。
ネット上では「子供はいるのか」「娘がいるのではないか」といった検索が頻繁に見られますが、調査の結果、二人の間に子供はいません。この点について過度な詮索が交わされることもありますが、夫婦それぞれの専門領域を尊重し、互いに支え合うパートナーシップを選択した結果といえます。現在も夫・山本公樹氏はメディアプロデュースに関わり、城之内早苗は歌手としてステージに立つという、健全で自立した夫婦生活を継続しています。
