納豆に関する最大の誤解は、「発酵食品＝永久不敗の保存食」という盲信です。確かに納豆菌（Bacillus subtilis var. natto）は非常に強力な生命力を持ち、熱や胃酸にも耐えうる芽胞を形成しますが、製品化されたパック内は「無菌の閉鎖空間」ではありません。
大手メーカーの品質管理部門による納豆メーカー 公式見解（タカノフーズやミツカンなど）を一貫して確認すると、「賞味期限を過ぎると風味が落ち、チロシンの発生やアンモニア臭が強くなるため、期限内の喫食を強く推奨する」と明記されています。メーカー側が安全性を保証できるのは、あくまで定められた期日までです。
また、もうひとつの盲点が「納豆菌の自己消化」です。大豆の栄養分を消費し尽くした納豆菌は、自らが分泌した酵素によって自らの菌体を分解し始めます。これにより独特の旨味成分だったアミノ酸がさらに分解されてアンモニアへと変化し、食品としての価値を自壊させていくのです。「腐らない」のではなく、「発酵が過度に進んで食べられない状態へと変質する」というのが科学的に正確な描写です。
