国立病院機構別府医療センターを受診するにあたり、最も把握しておくべき基本ルールが外来受付時間と初診時の紹介状の有無です。同センターは高度な急性期医療に特化した「地域医療支援病院」に指定されており、地域のクリニックや診療所との機能分担を明確に推進しています。
初診の外来受付時間は原則として平日の8:30〜11:00に設定されています（再来受付機は8:00より稼働）。ただし、診療科ごとに完全予約制の導入状況や休診日が異なるため、事前に公式ウェブサイトの診療体制スケジュールを確認することが必須となります。
特に注意すべき点は「選定療養費」の仕組みです。紹介状（診療情報提供書）を持参せずに初診で直接来院した場合、通常の保険診療費に加えて国が定めた選定療養費（医科7,700円以上）が自己負担として加算されます。これは大病院への軽症患者集中を防ぎ、救急・重症患者の治療を滞りなく行うための医療制度上の措置です。受診費用を抑え、かつスムーズな問診を受けるためには、まず近隣のかかりつけ医を受診し、別府医療センター宛ての紹介状を発行してもらうフローが鉄則です。
また、診療科ごとの担当医スケジュールは月ごとに更新されています。専門外来（循環器内科、消化器内科、呼吸器外科、整形外科、小児科、産婦人科など）では、大学病院からの派遣医や学会専門医・指導医が外来を担当する曜日が決まっているケースが多いため、特定の専門医による診察を希望する場合は事前の確認が欠かせません。
