シーズン3における最大の脅威は、「裏側の世界（アップサイド・ダウン）」の怪物マインド・フレイヤーと、米ソ冷戦構造を利用してアメリカ本土に潜入したソ連軍という二重の侵略構造にあります。
ソ連軍は、アメリカのホーキンスに裏側の世界へのゲートを開くための「傷（歪み）」がまだ癒えていないことを察知し、表向きはスターコートモールを建設・運営する不動産会社「スターコート社」を隠れ蓑にして、地下数百メートルに及ぶ広大な軍事研究施設を極秘裏に建造していました。施設内では、大量の電力を消費する巨大レーザー装置「キー」を稼働させ、ゲートの再開通を強行していたのです。
ホッパーとジョイスは、ソ連側の技術者であるアレクセイ博士（ファンから「スラーピー好きの純真な科学者」として絶大な人気を獲得）を拘束し、ロシア語が堪能な元ジャーナリストのマレー・バウマンの通訳を通じて、地下基地の全貌とゲート開放計画の全貌を暴き出します。しかし、アメリカ文化と遊園地のお祭りを無邪気に楽しんでいたアレクセイ博士は、冷酷なソ連の暗殺者グリゴリーの手によって祭りの最中に射殺されるという非業の最後を遂げました。
マインド・フレイヤーの真の目的は、自らの脅威となり得る唯一の存在であるエル（イレブン）の抹殺と、現実世界の完全な侵食でした。過去シーズンで見せた精神支配にとどまらず、街の住民やネズミの有機物を融合させたグロテスクな肉体を獲得したマインド・フレイヤーは、圧倒的な物理破壊力を持ってホッパー邸やスターコートモールへと襲いかかります。
