『名探偵コナン』を語る上で長年ファンの間で議論の的となってきたのが、「阿笠博士＝黒の組織のボス（あの方）なのではないか」という阿笠博士黒幕説です。
「アガサ・クリスティ」に由来する名前や、組織の薬「APTX4869」を開発したシェリー（灰原哀）を匿うタイミングの良さなどから、初期から様々な考察が飛び交いました。また、原作コミックスやアニメに登場した伯父の阿笠栗介（あがさ くりすけ）が遺した別荘の暗号事件など、阿笠一族にまつわるミステリアスな描写もファンの想像を掻き立てました。
しかし、原作者の青山剛昌先生はインタビューやイベント等で「阿笠博士は黒幕ではありません」と明確に完全否定しています。のちにボスの正体が「烏丸蓮耶」であることが判明したことで、黒幕説には完全に終止符が打たれました。緒方賢一さんが演じる阿笠博士は、名実ともにコナンたちの揺るぎない味方であり、安らぎの拠点であり続けています。
