同院は多岐にわたる専門医療を展開しており、長野市民病院の診療科一覧には内科系、外科系、小児科、産婦人科、脳神経外科、整形外科、循環器内科、放射線科、麻酔科など幅広い領域が網羅されています。さらに、病気の早期発見を担う長野市民病院の健診センター(人間ドック)も併設されており、高精度なPET-CT検査や脳ドックなど、予防医療のハブとしても機能しています。
不意の急病や怪我に対応する長野市民病院の救急外来の受付時間は、原則として24時間365日体制です。ただし、夜間・休日の救急外来(ER)は重症患者を優先する「トリアージシステム」を導入しているため、軽症と判断された場合は待ち時間が長時間に及ぶか、時間外選定療養費が加算されるケースがあります。夜間の突発的な受診の際は、事前に電話での相談を行うか、長野県救急安心センター(#7119)の活用が推奨されます。