沖縄県立普天間高等学校普通科が長年にわたり高い支持を集める最大の理由は、手厚い進路指導と堅実な大学進学実績にあります。卒業生の進路先として最も強固な地盤を持つのが地元・琉球大学であり、医学部保健学科、教育学部、工学部、国際地域創造学部などに毎年安定して40〜60名規模の合格者を輩出しています。さらに名桜大学や沖縄県立看護大学、県立芸術大学といった公立大学への進学者も多数を占めます。
県外の難関国公立大学への挑戦者も途絶えることはなく、九州大学や広島大学、熊本大学などの旧帝大・地方中堅国公立大学への現役合格者を継続的に出しています。学校全体として「現役志向」が強く、早期からの課外講座や進路ガイダンスが体系化されている点が特徴です。
また、私立大学進学を視野に入れる生徒にとって大きな武器となるのが、豊富な指定校推薦枠です。長年の信頼関係に基づき、中央大学、法政大学などのMARCHクラスや、関西大学、同志社大学、立命館大学などの関関同立、さらには西南学院大学や福岡大学といった九州の有力私立大学の指定校推薦枠を保有しています。一般選抜のみならず、校内選考を勝ち抜いて年内に進路を決定する総合型選抜・学校推薦型選抜の活用率も高まっています。
