国吉神社の歴史は極めて古く、平安時代の寛治年間（1087〜1094年）にまで遡ると伝えられています。古くは「諏訪神社」と称され、信濃国一之宮・諏訪大社より勧請された健御名方命（タケミナカタノミコト）を主祭神として奉斎してきました。
中世から近世にかけては国吉郷二十八ヶ村の総鎮守として、武将や庶民から絶大な崇敬を集めました。明治時代に入ると地域の神社が合祀され、現在の「国吉神社」へと改称。国土安寧、武運長久、厄除開運、交通安全、家内安全など、人々の暮らし全般を守護する大前として尊ばれています。
一方、境内に鎮座する「出雲大社上総分院」は、島根県の大社本ツ宮より正式に分霊を拝受して創建された歴史を持ちます。出雲大社の主祭神である大国主大神（オオクニヌシノオオカミ）は、男女の縁にとどまらず、仕事・人間関係・金運・健康など、生きとし生けるものが豊かに結びつく「幸縁」を司る神です。
出雲神話において、健御名方命は大国主大神の御子神（みこがみ）にあたります。つまり国吉神社の境内は、父神と子神が同じ杜に寄り添い鎮まる奇跡的な聖域であり、これが他社には見られない強力なご利益の源泉として語り継がれているのです。
