樹海で遺体が発見された場合、現場は直ちに規制線が張られ、山梨県警の鑑識班による厳格な遺体身元確認が開始されます。風雨や野生動物の影響を受けやすい過酷な自然環境下では、発見時の状態によって身元特定が困難を極めるケースも少なくありません。
現場周辺で見つかる所持品、衣服のタグ、携帯電話や免許証などの遺留品はもちろんのこと、指紋、歯型の照合、さらにはDNA鑑定が迅速に行われます。所持品から身元が特定された場合は速やかに親族へ連絡が入り、青木ヶ原樹海の遺留品引き取りや遺体の引き渡し手続きが警察署にて執り行われます。
万が一、長期間にわたり身元が判明しない場合は、法律に基づき「行旅死亡人（こうりょしぼうにん）」として自治体の手で火葬され、無縁仏として手厚く供養・保管されます。山梨県警と地元行政は、一人でも多くの身元を行方不明者リストと照合できるよう、長期的な身元照会データベースを運用し続けています。
