保護カバーの導入をためらわせる最大の要因が、光学性能への悪影響です。検討時に見逃せないiPhoneレンズカバーのデメリットとして、精密な光学設計に対する物理的干渉が挙げられます。Appleが莫大な開発費を投じて施した反射防止コーティングの上に、屈折率の異なる社外製ガラスや粘着層を1枚被せる行為は、レンズ性能を強制的にスポイルさせるリスクを伴います。
顕著に現れるのがiPhoneカメラカバーゴースト現象の影響です。夜景撮影や強い光源（街灯、車のヘッドライト、室内の照明器具）がフレーム内に入り込んだ際、光がカバーと本体レンズの間で幾重にも乱反射を起こし、本来存在しないはずの緑色や白色の光の玉（ゴースト）や、全体が白っぽく霞むフレア現象が劇的に悪化します。これがiPhoneレンズカバー画質低下の真相であり、どれほどiPhoneの画像処理エンジン（Photonic Engine）が高度であっても、物理レンズの直前で生じた光学破綻をデジタル補正で消し去ることは不可能です。
さらに見過ごされがちな弊害が、オートフォーカス（AF）とセンサーへの干渉です。近年のモデルに搭載されているLiDARスキャナーやマイク用の極小穴がカバーで遮られたり、接着剤の揮発成分がレンズ内部を曇らせたりすることで、被写体深度の測定エラーやピントの迷いが発生します。特に夜間のポートレートモードやマクロ撮影において、シャッターチャンスを逃す決定打になりかねません。
