健康意識が高まる中、フレッシュに対して最も投げかけられる疑念が「トランス脂肪酸の塊ではないか」「食べるプラスチックではないか」という強い拒絶反応です。かつてマーガリンやショートニングとともに問題視された経緯があるため、現在でも健康不安を抱く読者は少なくありません。
結論から述べると、トランス脂肪酸の危険性と真相について、日本の大手食品メーカー各社はすでに対策を完了させています。スジャータめいらくをはじめとする主要ブランドは、2010年代以降に製造プロセスの全面刷新を実施しました。油脂を硬化させる際に発生する部分水素添加油脂の使用を取りやめ、エステル交換技術や厳選されたパーム油・大豆油の配合見直しを断行した結果、製品1個（約4.5ml〜5ml）に含まれるトランス脂肪酸量は0.00g（検出限界値未満）を達成しています。
食品安全委員会および農林水産省が公表している調査データによれば、日本人の平均的なトランス脂肪酸摂取量は総エネルギー摂取量の約0.3%（WHOの推奨目標値は1%未満）にとどまっています。フレッシュを1日に2〜3個使用したとしても、健康被害を直接引き起こすようなトランス脂肪酸の摂取レベルには到底達しません。
ただし、コーヒーフレッシュの健康への影響をフラットに評価するならば、トランス脂肪酸以外の側面への配慮は必要です。フレッシュに含まれる植物油脂の多くはパーム油由来の飽和脂肪酸を含んでおり、摂りすぎれば血中のLDLコレステロール上昇を招く要因となり得ます。また、極めて微量ではあるものの乳化剤や香料といった食品添加物が使われているため、無添加志向の消費者にとっては心理的なハードルが残ります。毒物として恐れる必要は皆無ですが、「健康のために積極的に飲むサプリメントのような食品ではない」という認識が適正です。
