復元の歩みを語る上で避けて通れないのが、あの惨劇の原因究明です。2019年10月31日午前2時34分、火災報知器の作動とともに正殿内部から発生した火の手は、北殿、南殿・番所、書院・鎖之間など主要7棟、延べ約4,800平方メートルを焼き尽くしました。
那覇市消防局と沖縄県警察による約2週間にわたる合同実況見分の結果、火元は正殿1階の北東側と特定されました。出火原因については、延長コードや配線器具のショート痕（溶融痕）が見つかったことから電気関係のトラブルが強く疑われましたが、徹底的な焼損により物理的証拠が失われ、法的・科学的な断定には至らず「出火原因は特定困難（失火の疑い）」として捜査は終結しています。
火災直後、SNSや掲示板上では「放火ではないか」「外部からの侵入者がいたのではないか」といった根拠のない陰謀論や憶測が拡散しました。防犯カメラ映像の解析や警備記録の照合により、第三者の侵入や意図的な放火の痕跡は完全に否定されています。現場関係者の証言取材でも、当時のイベント準備に伴う電源運用の実態や、防火シャッターの降下障害、スプリンクラーの未設置など、ハード・ソフト両面における複合的な構造不備が被害を拡大させた主因であることが明らかになっています。
今回の再建において最も注力されたのは、過去の反省を活かした最先端の防火設備です。正殿内部には高圧ウォーターミストやドレンチャー設備、自動火災報知設備が張り巡らされ、外部には放水銃が複数配置されるなど、文化財としての意匠を損なうことなく世界最高峰の防災拠点が構築されています。
