順調に見えた2人の結婚生活ですが、2017年7月に突如として協議離婚が成立します。当時、夕刊紙や週刊誌では様々な憶測が飛び交いましたが、双方が発表した声明では「政治的見解の違いによるもの」と説明されました。
当時、高市氏は無派閥で安倍政権の閣僚（総務大臣）として重責を担っていた一方、山本氏は清和政策研究会（細田派）から二階派へ移籍するなど、党内における立ち位置や政策論争で微妙なズレが生じていました。互いに政治家としての信念を曲げられないプロフェッショナル同士だからこそ、私生活と政治理念の板挟みを解消するための「前向きな解消」であったとされています。
しかし、離婚後も2人の人間関係が途絶えることはありませんでした。決定打となったのは、2021年秋の自民党総裁選挙です。初の女性首相を目指して出馬した高市氏の陣営において、山本氏は選対幹部並みの献身的なロビー活動を展開し、党内の推薦人集めや票読みで八面六臂の活躍を見せました。
この戦いを通じて互いの掛け替えのない存在価値を再認識した2人は、同年の衆院選後に2021年12月に再婚（復縁）届を提出しました。再婚にあたり、高市氏は「戸籍上の姓を山本」に変更したことを公表。政治活動上は通称として「高市」を名乗り続けていますが、法律上は夫の姓を選択したというエピソードは、夫婦の深い絆を示す出来事として大きな話題を呼びました。
