事件後の司法手続きは、日本国民の憤激に決定的な火を注ぐことになりました。当時の日本は幕末に結ばされた不平等条約により、外国人が日本国内で犯した罪を日本の法律で裁くことができない「領事裁判権」を認めていました。
事故直後の1886年11月、神戸のイギリス領事館内で開かれた海事審判において、領事ジェームズ・トループはドレーク船長に対し「船長以下乗務員に過失はなく、全員無罪」とする裁定を下しました。日本人乗客全員を見殺しにして自分たちだけが生還した行為が「正当な判断」として免責されたのです。この不条理極まりない判決理由に、全国の新聞各社は一斉に猛反発を展開し、法学者や知識人、一般庶民に至るまで空前の抗議デモや集会が巻き起こりました。
高まる世論の圧力に危機感を抱いた日本政府（外務省）は、ドレーク船長を殺人罪で横浜のイギリス領事裁判所に正式告訴。しかし、同年12月に出された最終判決は、殺人罪を退け「職務上の過失致死罪」としてわずか禁錮3ヶ月という極めて軽い量刑でした。さらに犠牲者の遺族に対する賠償金支払いは一切命じられませんでした。25人もの命が奪われながら、何の償いもなされないという冷酷な現実が、領事裁判権という制度の本質を日本中に白日の下に晒したのです。
