多くのファンが気になっている学歴の足跡をたどると、ふたりが極めて優秀な学生生活を送っていた事実が浮かび上がってきます。中学を卒業したふたりが進学先に選んだ出身高校は、県内でも指折りの公立進学校である熊本県立熊本北高等学校でした。偏差値60を超える学力重視の環境でありながら、ふたりは文武両道を地で行く青春期を駆け抜けます。
特に高校時代を象徴するのが、学生時代のバスケットボール部でのエピソードです。小・中から続けていたバスケ部において、ふたりは主力選手としてインターハイ予選などでしのぎを削りました。コート上で双子ならではのテレパシーのようなパス回しを披露し、相手ディフェンスを幻惑させたという逸話はファンの間でも有名です。当時の公式戦を振り返るインタビューでも、「サインを出さずとも相方がどこに走り込むか感覚で分かっていた」と語っており、現在の漫才における阿吽の間合いは、まさにこのバスケ部時代に原型が完成していたといえます。
高校卒業後、ふたりの進路は初めて分かれることになります。進学した出身大学において、兄の吉本大は熊本県立大学 総合管理学部へ進学。公設のハイレベルな環境で情報管理やマネジメントを学びました。一方、弟の吉本拓は地元の名門私立である熊本学園大学 経済学部へ進学し、経済学の視座を深めました。
「高校までずっと同じ環境だったからこそ、あえて大学は別のキャンパスを選んだ」という当時の決断からは、共依存に陥ることなく、個々の自立したアイデンティティを確立しようとした成熟した心理がうかがえます。大学卒業後、一度は一般企業への就職やフリーター生活を経験しつつも、2008年に揃って上京しNSC東京校（14期生）に入学した経緯は、遠回りをしたからこそ揺るぎない覚悟へと結びつきました。
