ベイ・シャトルがマイカー派の旅行者から絶大な支持を集める最大の理由が、「神戸空港海上アクセスターミナル専用駐車場の無料化サービス」です。関西圏の空港駐車場相場を考えると、この経済的メリットは破格と言えます。
通常、神戸空港のタイムズ駐車場に一般車を駐車した場合、1日（24時間）あたり1,530円（1時間150円、最大料金設定あり）が加算され、1週間の海外旅行であれば1万円以上の出費になります。関空島内の連絡橋通行料往復代金（普通車で往復約1,800円〜3,100円）や関空島内駐車場の高額な料金（1日最大約2,500円強）を考慮すれば、マイカーでの関空直接乗り入れは大きな固定費となります。
しかし、ベイ・シャトルを往復利用する乗客に限り、乗船期間中の駐車料金が入庫から何日間利用しても完全無料（0円）となります。海上アクセス株式会社の公式発表資料や神戸市港湾局の施策意図を確認すると、この大胆な無料化設定には「三空港一体運用を後押しし、神戸側から関空へのアクセス結節点を強化してマイカー利用層を海路へ誘導する」という戦略的背景があります。
利用手順は非常に明快です。神戸空港島内の「海上アクセスターミナル専用駐車場」（約700台収容）に車を停め、ターミナル窓口で往復乗船券を発券・購入する際、駐車券をカウンター係員に提示して認証機に通してもらうだけです。事前予約は不要ですが、ゴールデンウィークやお盆、年末年始などの超繁忙期には駐車場が満車に近づくケースもあるため、連休期間中は出航便の30分以上前に余裕を持って到着しておくことが賢明です。
