『ロックマンエグゼ2』をプレイする上で、事前に把握しておくべき注意点がいくつか存在します。オリジナルGBA版では、特定のイベント配布限定チップや、一部のNPCとの会話・選択肢のタイミングを逃すと二度と手に入らないチップがありました。
しかし、最新の『ロックマンエグゼ アドバンスドコレクション』では、これらの不便な点が大幅に改善されています。過去のイベント限定配信チップがメニューから即座に入手可能となったほか、バスターの威力を100倍にする「バスターMAXモード」の搭載により、ストーリー進行やチップ集めの周回効率が圧倒的に向上しました。
ただし、特定のミッション進行順や、一度きりの電脳マップ内に落ちている限定アイテムの回収し忘れなど、依然としてセーブデータの取り扱いには慎重さが求められます。
