極めて便利なシステムだが、利用時に覚えておくべき注意点も存在する。代表的なのが、通信環境トラブルだ。地下店舗や大型ショッピングモール内の店舗では、時間帯によって電波が届きにくくなり、PayPayの決済画面が開かないケースが稀にある。事前のWi-Fi確認や、店舗に入る前の注文完了が鉄則だ。
また、マクドナルド店頭での直接PayPay決済(バーコード提示)と、モバイルオーダー内でのPayPay決済では、適用されるキャンペーンやクーポンの内容が異なる場合がある点も留意したい。現在実施されているキャンペーンが「モバイルオーダー限定」なのか「店頭決済も対象」なのかを事前にチェックする習慣が、損をしないための鍵だ。