中村藤吉京都駅店へ向かう際、多くの来訪者が直面するのが「駅構内のどこにあるのか分かりにくい」という問題です。店舗はジェイアール京都伊勢丹の3階、南北自由通路に面したレストラン・ショップゾーン（旧スバコ・ジェイアール京都伊勢丹エリア）に位置しています。
各改札からの最短ルートは以下の通りです。
【JR西口改札から向かう場合（所要時間：徒歩約1分）】
改札を出てすぐ正面左手にある「ジェイアール京都伊勢丹」のエスカレーターを上がり、3階フロアへ向かいます。エスカレーターを降りて右手奥に、中村藤吉の暖簾と店頭受付が見えます。
【新幹線中央口改札から向かう場合（所要時間：徒歩約3分）】
新幹線改札を出て右手の南北自由通路へ進み、北口（烏丸口方面）に向かって歩きます。左手に見えるJR西口改札を通過し、伊勢丹3階へのエスカレーターを利用します。
【JR中央口（烏丸口・京都タワー側）から向かう場合（所要時間：徒歩約4分）】
中央口改札を出て右手のエスカレーターで2階の南北自由通路へ上がり、そのまま南側（新幹線方面）へ直進。右手に見える伊勢丹のエスカレーターから3階へ上がります。
新幹線の乗降口や在来線の主要改札から直結しているため、雨天時でも傘を差さずに立ち寄れる利便性の高さが大きな強みとなっています。
