海陽中等教育学校を検討する家庭にとって、最大の検討材料となるのが費用面です。一般生の納付金は、授業料・施設費・寮費・食費を含めて年間およそ280万〜300万円に達し、6年間の総費用は2,000万円近くにのぼります。
しかし、この金額には1日3食の食事代、光熱費、24時間の生活管理、夜間補習やメンター指導の費用がすべて内包されています。首都圏で私立中高に通いながら大手進学塾や個別指導に通塾し、食費や住居関連費を家庭で負担する総額と比較した場合、実質的なコスト差は数字の見た目ほど開いていないという見解も成り立ちます。
特筆すべきは、企業の寄付講座や支援基金によって支えられる特別給費生制度の存在です。成績最上位で選抜された生徒(各学年約20〜30名)に対しては、授業料のみならず寮費や食費を含めた6年間の生活費の大部分が免除されます。経済的な背景を問わず、純粋な学力と資質によってエリート教育を受けられる道が担保されている点は、他の私立校にはない大きな強みです。