本人確認の手続きにおいて、最も懸念が集まるのが「マイナンバーカードの読み取り」や「運転免許証の撮影」に伴うプライバシーの安全性です。ネット掲示板や知恵袋などでは、「マイナンバーの12桁の番号がPayPay側に筒抜けになるのではないか」「免許証の顔写真がダークウェブに売買されるのではないか」といった極端な不安の声が散見されます。
マイナンバーカードを用いた本人確認（公的個人認証サービス：JPKI）では、券面に記載された12桁のマイナンバーそのものをPayPay側が収集・保管することはありません。ICチップ内に格納された電子証明書を利用して地方公共団体情報システム機構（J-LIS）と照合を行う仕組みのため、PayPayの手元に残るのは「本人確認が公的に完了した」という認証結果のみです。暗証番号についても、認証処理の瞬間に暗号化されて照合機関に直接送られるため、運営企業であっても閲覧は不可能です。
運転免許証を撮影して提出する方式（eKYC）においても、厚労省・警察庁のガイドラインに従い、厚みや斜め撮影による立体判定、リアルタイムの顔写真照合が行われます。提出データは認証審査完了後に厳重なアクセス権限管理のもとで保管され、外部ネットワークから隔離されます。かつて一部のユーザーから報告された審査エラーの原因は、「照明の反射による文字潰れ」「手ブレ」「カードの有効期限切れ」といった物理的な撮影不備が全体の8割以上を占めており、システム側の欠陥ではありません。
なお、公的個人認証（JPKI）を利用した場合は最短数分から数時間、書類撮影方式でも原則当日から3日前後で審査が完了します。スピーディーな処理体制が整ったことで、手続きの不透明さによる不安も年々解消されつつあります。
