閃輝暗点は、目そのものの異常ではなく、後頭部にある大脳皮質視覚野の血流変化によって引き起こされます。専門的には「皮質拡延性抑制（CSD: Cortical Spreading Depression）」と呼ばれる神経細胞の過剰な興奮の波が脳の表面をゆっくりと広がり、それに伴って血管が急激に収縮した後に過度な拡張を起こす現象です。
血管が収縮して血流が一時的に低下している際にギザギザの光や視野の欠損が生じ、その後に反動で血管が急拡張して周囲の三叉神経を刺激することで、典型的な片頭痛の前兆としての激痛が引き起こされます。
この発作を誘発するトリガーとして、臨床現場で最も多く指摘されるのが精神的・身体的ストレスです。興味深いことに、強いプレッシャーに晒されている渦中よりも、「大きな仕事が一段落した週末」や「過度な緊張から解放された瞬間」など、自律神経が交感神経から副交感神経へ急激に切り替わるタイミングで血管が拡張し、発症する傾向が顕著に見られます。
そのほか、慢性的な睡眠不足、長時間のデスクワークやスマートフォン操作による眼精疲労、チョコレートや赤ワイン（チラミンやポリフェノールを含む食品）、カフェインの過剰摂取や急激な断薬、女性ホルモン（エストロゲン）の変動、急激な気圧の変化なども発症の引き金として知られています。
