なぜゾフルーザは、わずか1回の服用で5日分のタミフルと同等以上のウイルス抑制力を発揮できるのか。その秘密は、開発元である塩野義製薬が打ち出した独自の作用機序に隠されています。
従来のインフルエンザ治療薬であるタミフル（一般名：オセルタミビル）は「ノイラミニダーゼ阻害薬」と呼ばれます。ウイルスが宿主の細胞内で大量に増殖したあと、隣の細胞へと飛び移るために細胞膜を破るハサミの役割（ノイラミニダーゼ酵素）を阻害する仕組みです。つまり、増えてしまったウイルスを細胞内に閉じ込めることで、それ以上の感染拡大を防ぎます。
対するゾフルーザ（一般名：バロキサビル マルボキシル）は、世界初の「キャップ依存性エンドヌクレアーゼ阻害薬」です。ウイルスが人間の細胞に侵入した直後、自らの遺伝子（mRNA）を複製・増殖するために宿主の遺伝子を切り取る酵素の働きを根本から遮断します。すなわち、ウイルスが増殖する最初の製造ラインを直接停止させる点に本質的な違いがあります。
さらに、薬剤動態における血中半減期が約90時間という極めて長い体内滞留性を持っています。1回の経口投与によって有効血中濃度が数日間にわたって維持されるため、これがゾフルーザの服用回数が1回のみで完結する医学的理由です。
ただし、ここで一般に広く誤解されているのがゾフルーザの効果時間とウイルスの排出の関係性です。「ウイルスの排出がタミフルより格段に早く止まるなら、熱も一瞬で下がるのではないか」と考えがちですが、厚生労働省承認時の臨床データによれば、患者の有症状期間（発熱や頭痛が消失するまでの時間）は約54時間であり、タミフルと統計的有意差はありません。症状そのものはウイルスが放出した炎症性サイトカインに起因するため、ウイルスが消失しても免疫反応が沈静化するまでに一定の時間を要します。
