もう一つの重大な盲点は、卵殻 カルシウム 土壌改良におけるpH（土壌酸度）のコントロール問題です。日本の土壌は雨が多いため酸性に傾きやすく、作物の植え付け前には苦土石灰や消石灰を撒いて酸度調整を行うのが通例です。このため「卵の殻を大量に撒けば石灰の代わりになる」と誤認されがちです。
しかし、卵の殻は炭酸カルシウムであるため、消石灰（水酸化カルシウム）や生石灰（酸化カルシウム）に比べて土壌を中和するアルカリ分としての反応速度が極めて緩やかです。土壌酸度計を用いた実測検証でも、粉末卵殻を相当量投入してもpHが急激に跳ね上がることはほとんどありません。これを「安全」と評価できる半面、直ちに酸度矯正を行いたい場面で石灰の完全な代替物として期待すると、作付け計画に大幅な遅延をもたらします。
また、生ゴミ処理機や卵の殻 コンポスト 発酵へ投入する際にも注意が必要です。卵殻自体は無機物（炭酸カルシウム）が主成分であるため、微生物による発酵分解によって消滅することはありません。発酵熱が60℃を超える好気性コンポストであれば衛生面での問題はクリアできますが、最終的に出来上がった堆肥の中にも粉砕が粗い殻は白い破片として残り続けます。仕上がりの美観や土壌の物理性を重視する場合は、コンポスト投入前にあらかじめ微細粉末化しておく配慮が欠かせません。
