附属校を選ぶ保護者が最も注目するのが、大学への内部進学ルートと他大学への進路実績です。明治学院高校では、卒業生の約35〜40%が系列の明治学院大学へ進学し、約60%前後は国公立大学や早慶上理、GMARCHをはじめとする難関他大学へ進学しています。
明治学院大学への内部進学における推薦基準は、高校3年間の定期テストや実力テストの成績、出席状況、英語資格試験（英検準2級〜2級レベル以上等）、面接などを総合評価して決定されます。全生徒の約8割をカバーする推薦枠が用意されているため、日常の課題を着実にこなしていれば、大学進学の切符を早い段階で手堅く確保できます。
注目すべきは、国公立大学や一定の条件を満たす私立大学を受験する場合、明治学院大学への推薦権を保持したまま他大学を受験できる「併願制度」が存在する点です。このセーフティネットがあるからこそ、生徒たちは浪人のリスクを抑えつつ、東京大、東京工業大（現・東京科学大）、早稲田大、慶應義塾大、上智大といった超難関校への挑戦に踏み切ることができます。明治学院高等学校の進学実績が毎年堅調な数値を維持している最大の原動力は、この柔軟な進路指導体制にあります。
