資金の集め方と使途に関しても、根強い議論が存在する。同団体はポータルサイト「ふるさとチョイス」などを通じて数億円規模の「ふるさと納税」による寄付を集め、日本最大級の民間保護団体へと成長した。広島県神石高原町への納税を通じた指定寄付の仕組みは、地方創生と動物愛護を組み合わせた先進的モデルとして当初高く評価された。
だが、集まった巨額の資金の一部が、ピースワンコ・ジャパン保護犬事業そのものだけでなく、母体である特定非営利活動法人ピースウィンズ・ジャパンの海外支援事業や管理費などに広く配分されている点に対し、「ワンコのために寄付したはずなのに」という困惑の声が一部の寄付者から上がった。財務諸表上は適正に処理されているものの、一般の支援者が思い描く「目の前の保護犬への直接的な支援」とのギャップが、ネット上での不信感を醸成する一因となった。
