べにや火災の原因調査は、消防本部と警察が合同で進めている。関係者の証言や焼損の激しい箇所の分析から、出火元は建物の中央付近、あるいは調理場に近いエリアだった可能性が指摘されている。特に温泉旅館では、厨房の換気ダクト内部に溜まった油分や、配線の経年劣化、給湯ボイラーなどの熱源機器が火災要因となるケースが多い。
実際、過去に全国で起きた老舗旅館の火災でも、電気系統の短絡や厨房設備の過熱が出火原因と特定された例は少なくない。今回もまた、「火が出る直前、特定のエリアで異臭を感じた」「ブレーカーが落ちた」といった断片的な証言が報じられており、電気設備の保守点検状況が調査の焦点になりつつある。一方で、放火など人為的な可能性については、警察は「現時点で積極的に疑う情報はない」としつつも、完全には否定していない。