検査を安全かつ円滑に進めるためには、事前の体調管理と指示事項の徹底が不可欠です。誤嚥（気道への胃内容物の逆流）を防ぐための食事制限・絶食ルールは厳格に守らなければなりません。
【前日の過ごし方】
夕食は消化の良いものを21時頃までに済ませ、それ以降の固形物の摂取は禁止されます。常用薬がある場合、特に抗凝固薬や抗血小板薬（血液をサラサラにする薬）は生検時の出血リスクに関わるため、医師の指示通り数日前から休薬または代替薬への切り替えを行う必要があります。
【当日の流れ】
当日の朝は絶食となります。水やお茶などの透明な水分も、検査の2〜3時間前には完全にストップします。血圧の薬など一部の必須内服薬は、早朝に少量の水で服用するよう指示されるのが一般的です。病院到着後は血圧・酸素濃度の測定、点滴ルートの確保、喉の局所麻酔を行い、検査室へと向かいます。
【検査後の安静と結果が出るまでの期間】
検査終了後は、鎮静剤の効果が切れるまで1〜2時間程度のベッド上安静が必要です。喉の麻酔が残っている間に飲食をすると誤嚥を起こす危険があるため、検査終了後約2時間は飲食が禁止されます。うがいや少量の水でむせ込みがないことを確認（飲水テスト）した後に食事が許可されます。
採取した組織の検査結果がいつわかるかについては、単純な細胞診で数日〜1週間、詳細な病理組織診断やがん遺伝子パネル検査まで含めると約1〜2週間後が一般的な目安となります。
