移動スピードで群を抜く嵐山から京都駅JRアクセスですが、利用時には「混雑」という別の課題が存在します。現在のJR嵯峨野線混雑状況は、インバウンド需要の高まりと国内観光客の集中により、特に16時〜18時台の上り列車（京都方面行き）でピークを迎えます。
嵯峨嵐山駅から京都駅所要時間自体は17分前後と極めて短いものの、改札前の入場規制やホーム上での混雑により、目当ての列車に1本見送らなければ乗車できない場面も散見されます。JR西日本による車両増結や臨時列車の運行といった対策が講じられているものの、夕方の車内は満員電車並みの混雑を覚悟しなければなりません。
少しでも快適に乗車するためのポイントは、渡月橋付近から嵯峨嵐山駅へ向かう移動時間を徒歩約12〜15分と見込み、発車時刻の15分前にはホームに並んでおくことです。また、SuicaやICOCAなどの交通系ICカードへの事前チャージ、またはモバイル決済の設定を済ませておくことで、券売機の長蛇の列を完全に回避できます。
