一度フタを開けて空気中の雑菌に触れたもずくは、賞味期限の日付に関係なく劣化スピードが跳ね上がります。開封後の日持ちの目安は冷蔵保存で2〜3日以内です。口をつけた箸を直接入れた場合は、その日のうちに食べ切るのが基本となります。
もし賞味期限内に食べ切れないことが分かっている場合は、冷凍保存を活用するのが効果的です。もずく酢は酢や糖分を含んでいるため、家庭用の冷凍庫で凍らせてもカチカチに固まりすぎず、食感を損ないにくい特徴があります。
未開封のカップならそのまま冷凍庫へ入れるだけで約1ヶ月間の長期保存が可能です。食べる際は前日に冷蔵庫へ移して自然解凍するか、急ぎの場合は流水に数分浸すだけで、元の美味しさとツルッとした喉越しをそのまま楽しむことができます。