茨城県南エリアで手続きを行う際、多くの人が混同しやすいのが「JAつくば市」と「JA水郷つくば」の組織的な違いと合併経緯です。ネット上でも「同じつくば市内のJAだからどちらの窓口でも全く同じ手続きができる」と誤解されるケースが見受けられます。
歴史的な経緯を振り返ると、茨城県内では農業協同組合の広域合併が進められ、土浦市、かすみがうら市、旧桜村エリアなどを含む地域が統合して「JA水郷つくば」が誕生しました。これに対し、旧谷田部町・豊里町・筑波町などを基盤とするエリアを中心に独立した運営を維持・発展させてきたのが「JAつくば市」です。
全国のJAバンクのキャッシュカードを持っていれば、日常的なATMでの入出金や残高照会は相互に利用可能ですが、出資金の手続き、組合員限定の融資商品、共済（保険）の各種変更手続きなどは、口座を開設した所管のJA窓口でなければ受け付けられない場合があります。「自分の取引支店がどちらのJAに属しているか」を通帳やキャッシュカードの表記で事前に確認しておくことが、窓口での二度手間を防ぐ決定的なポイントです。
