進路選択において最も現実的な判断材料となるのが費用面です。飛鳥未来高校 名古屋キャンパスの学費は、履修する単位数に応じた授業料と、選択する通学コースごとのサポート費用で構成されています。
基本となる単位制授業料は1単位あたり1万2,000円程度（年間25単位履修で約30万円）に設定されています。これに施設設備費や教育充実費、行事費などが加わりますが、私立高校無償化の枠組みである高等学校等就学支援金制度を利用することで、世帯年収に応じた国からの支給が受けられます。
年収目安約590万円未満の世帯であれば、1単位あたり上限1万2,030円が支給されるため、授業料部分の実質負担はほぼゼロに近くなります。通学日数の多いコースを選択した場合でも、実質的な年間自己負担額は約25万〜45万円前後に収まるケースが多く、一般的な全日制私立高校（年間約80万〜100万円超）と比較して経済的負担を大幅に抑えることが可能です。
