木綿豆腐と絹ごし豆腐の最大の違いは、大豆から抽出した豆乳に凝固剤（にがり等）を加えて固めるプロセスにあります。名前の響きから「絹ごし豆腐は高級な絹布で豆乳を漉している」と誤解されがちですが、絹という素材が製造工程で直接使われているわけではありません。
木綿豆腐は、一度にがりで固めたおぼろ状の豆乳を崩し、木綿の布を敷いた型箱に流し込んで上から圧力をかけ、余分な水分（上澄み液）を搾り出して成形します。このとき木綿布の織り目が豆腐の表面に転写されるため、「木綿」の名が付けられました。水分を意図的に絞り出すことで、大豆の旨味と栄養がぎゅっと凝縮し、しっかりとした硬さと濃厚な味わいが生まれます。
一方の絹ごし豆腐は、木綿豆腐よりも糖度の高い濃い豆乳を用い、枠の中に流し込んだ豆乳全体に均一に凝固剤を作用させ、水分を一切絞らずにそのままプリン状に固め上げます。出来上がった豆腐の肌理（きめ）が非常に細かく、まるで滑らかな絹織物のようであったことから「絹ごし」と名付けられました。
豆腐の凝固反応には、塩化マグネシウム（天然にがり）や硫酸カルシウム（すまし粉）などの凝固剤が用いられます。大豆タンパク質（グリシニンなど）がミネラルイオンと結びついて網目構造を形成する際、水分を抱え込ませるか、水分を押し出して網目を密にするかという物理的アプローチの差が、両者の個性を決定づけています。
