建築史における大きなミステリーとして語り継がれているのが、フランス・ロワール渓谷にあるシャンボール城の二重螺旋階段（レオナルド・ダ・ヴィンチが原案を考案したとされる名建築）との構造的類似性です。
会津さざえ堂を考案・建立したのは、当時飯盛山正宗寺の住職を務めていた奇僧・郁堂（いくどう）和尚と伝えられています。18世紀末の鎖国下の日本において、なぜ郁堂和尚がこれほど高度な西洋幾何学的構造を思いついたのかについては、現在も複数の説が存在します。
一つは、長崎出島を通じて輸入された蘭学書や西洋の銅版画・挿絵を目にし、そこから二重螺旋のインスピレーションを得たとする「蘭学受容説」。もう一つは、日本古来の宮大工が持つ伝統的な規矩術（きくじゅつ：曲尺を用いた高度な立体幾何学計算法）を極限まで応用して独自に編み出したとする「土着技術昇華説」です。確たる設計図面が遺されていない点も、この建築の神秘性をより深める要因となっています。
