女子聖学院の教育の根幹を支えているのが、伝統あるプロテスタントの宗教教育と、創立期から磨き抜かれてきた実践的な英語教育です。
毎朝の礼拝や聖書の授業を通じて行われる人間教育は、単なる宗教的教義の注入ではありません。「他者を尊重し、自分自身の存在意義を肯定する」というキリスト教の根底にある思想を自然体で体得するための時間です。校内で毎朝響くパイプオルガンの音色や讃美歌の響きは、多感な思春期の生徒たちに深い心の落ち着きをもたらしています。
英語教育においては、中1からの少人数・習熟度別授業を徹底。ネイティブ教員によるオールイングリッシュの授業や、放課後の「イングリッシュ・ラウンジ」での自由対話、オンライン英会話、セブ島語学研修など、インプットとアウトプットを有機的に結びつける仕掛けが豊富です。卒業時には英検準1級・2級の取得率が極めて高く、大学入試改革における英語外部検定利用入試でも圧倒的なアドバンテージを発揮しています。
また、同敷地内にある系列校の聖学院中学校 高等学校（男子校）とは、学校法人聖学院としての理念を共有しつつも、男女別学の利点を最大限に生かした教育を展開しています。合同の礼拝や一部の行事・課外活動で緩やかな交流を持ちながら、女子のみの環境でリーダーシップを気兼ねなく発揮できる環境が整えられています。
