手続きを進める中で、多くのユーザーが陥りがちな「罠」や注意点が存在する。筆頭に挙げられるのが、前述した通学定期券証明書の承認待ちによるタイムラグだ。新学期直前の3月下旬から4月上旬にかけては確認申請が殺到するため、承認までに予想以上の時間を要する。新学期の初日に間に合わないという失敗を防ぐためにも、証明書類の手配と申請は最低でも数日〜1週間程度前に済ませておくのが鉄則だ。
また、機種変更に伴うデータ移行時のトラブルも絶えない。旧端末からモバイルSuicaのデータをサーバーへ預ける「サーバー退避」の操作を忘れたまま端末を処分・初期化してしまうと、新端末での引き継ぎに手間取る。iPhone同士やAndroid同士の移行手続き手順を事前に確認し、定期券の有効期限内に安全にデータを引っ越しさせることが肝要だ。