駅の構造自体は非常にシンプルでありながら、利用客数の多さゆえに動線の把握が日々の快適性を左右します。二子玉川駅の構内図を確認すると、ホームは高架2階部分に位置し、島式ホーム2面4線の構造を採用しています。外側（1番線・4番線）を東急田園都市線が、内側（2番線・3番線）を東急大井町線が使用しており、同一ホーム上で平面乗り換えができる設計は通勤時の大きなメリットです。
改札口は1階コンコースに1箇所のみ配置されています。改札を抜けて右手が東口、左手が西口という明快な構造になっており、二子玉川駅出口案内に従って移動すれば迷う心配はほとんどありません。
- 東口エリア：改札を出て右側。二子玉川ライズ（ショッピングセンター、オフィス棟、タワーマンション群）や二子玉川公園、楽天クリムゾンハウス方面へ直結。歩行者デッキを通じて雨の日でも濡れずに移動できる導線が確立されています。
- 西口エリア：改札を出て左側。玉川高島屋S・Cの本館・南館、玉川警察署二子玉川交番、昔ながらの個人商店や老舗飲食店が点在する二子玉川商店街方面へアクセスできます。
注意すべきは、改札が一箇所に集約されているため、平日朝の通勤ピーク時や休日の夕方には改札機前や下りエスカレーター付近に強烈なボトルネックが発生する点です。エレベーターは各ホームに設置されていますが、ベビーカー利用者や車椅子利用者が集中する週末の昼下がりには待ち行列ができることも珍しくありません。
