「総合学科は大学受験に不利なのではないか」という懸念を抱く保護者も少なくありませんが、塩尻志学館高校の進学実績はその不安を払拭する実績を残しています。毎年、信州大学などの国公立大学をはじめ、諏訪東京理科大学、松本大学などの地域密着型私立大学、さらには東洋大学や専修大学、日本大学といった関東の中堅・上位私立大学への合格者を堅実に輩出しています。
総合学科の特色を活かした総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜における強さは特筆すべきポイントです。高校時代にワイン醸造や地域課題解決、専門資格の取得など具体的な探究活動に打ち込んだ経験は、大学入試の面接や小論文において極めて強力な武器となります。
また、四年制大学への進学だけでなく、医療・看護系や調理・製菓・IT系の専門学校への進学、さらには長野県内の有力製造業や観光・サービス業、公務員への直接就職にも手厚いサポート体制が敷かれています。就職希望者に対する内定率はほぼ100%を維持しており、生徒それぞれの希望に寄り添った出口戦略が整っています。
