オンラインチェックインが非常に便利である一方、いくつかの落とし穴も存在する。特に注意したいのが、スターアライアンス加盟航空会社とのコードシェア便（共同運行便）を利用するケースだ。
他社が運航する機材に乗る場合、ANAのシステムではなく運航会社のWebサイトやアプリでのチェックインが必要になる場合がある。また、ビザ確認が必要な一部の国際線路線や、車椅子等のサポートを要する乗客は、オンラインで完了せず空港カウンターでの確認作業が求められる。手荷物の預け入れ締め切り時間（国内線は出発20分前、国際線は出発60分前）厳守の原則も変わらないため、時間の余裕を持った行動を心がけたい。
