こうした状況に対し、神社本庁や文化庁など関係各所も注視を強めている。神社本庁は「御朱印は参拝の証であり、授受は敬虔な気持ちで行われるべきもの」との見解を示しており、過度な商業化やトラブルに対して警鐘を鳴らしてきた。また、日本の文化財や宗教文化の保護を担う文化庁においても、伝統的な信仰のかたちと観光振興のバランスをどう保つかが大きな論点となっている。
NHK『新日本風土記』の特集番組でも、時代とともに変わりゆく信仰と人々の関わりが取り上げられ、反響を呼んだ。番組では、現代の混迷のなかで御朱印に向き合う神職や巡礼者の姿が静かに描写され、ブームの陰で失われつつある「祈りの心」をどのように継承していくべきかが問いかけられた。日本の風土に根ざした文化が、消費の波に呑み込まれるか、それとも新たな共存の道を歩むのか、まさに岐路に立たされている。
