歴史的な日本の旗を議論する際、ネット空間を中心に頻繁に混同されるのが「日章旗（日の丸）」と「旭日旗（きょくじつき）」の差異です。これらはデザインのみならず、法的な性格と掲揚目的が全く異なります。
日章旗が「国家そのもの（主権・国民・船舶）」を表す国旗であるのに対し、旭日旗は明治期に創設された「軍隊・防衛組織の部隊旗（自衛隊旗・自衛艦旗）」です。
明治維新後、近代的な軍備を進めた明治政府は、1870年（明治3年）に陸軍の象徴として16本の光条を持つ「陸軍御国旗（のちの連隊旗）」を制定しました。続いて1889年（明治22年）には、海軍が日章を中心に据えつつ光条を放射状に広げたデザインを「軍艦旗」として採用。海軍旗は艦首側へ日章をオフセットさせており、風になびいた際の視認性を計算し尽くしたものでした。
大日本帝国憲法下においても、外交使節や国家行事、公船に掲げられた国旗は一貫して「白地に赤丸の日章旗」でした。旭日旗が国旗の代わりとして使われた事実はなく、あくまで軍事組織の所属を示す識別標識として厳密に区分されていたのです。この機能分担は、現在の陸上自衛隊（8本光条の自衛隊旗）および海上自衛隊（16本光条の自衛艦旗）にも国際法上の軍艦旗（Naval Ensign）としてそのまま継承されています。
