モスバーガーの注文システムは、好みのメイン商品（ハンバーガーやモスライスバーガー）にサイドメニューとドリンクを組み合わせる「メイン＋セット料金」の加算方式が採られています。2026年現在、全国の標準店舗で展開されているレギュラーセットの基本ラインナップは以下の通りです。
定番の筆頭である「ポテトMセット」および「オニポテセット」は、メインバーガーにプラス450円（税込）でポテト（またはオニポテ）とセットドリンクMサイズが付属します。少し軽めに抑えたい層に支持される「ポテトSセット」はプラス410円（税込）となっており、Mセットとの差額はわずか40円にとどまります。この40円差でポテトの量が約1.5倍に増量される設計は、アップセルを促す巧みな価格戦略といえます。
健康志向の利用者に選ばれている「こだわり野菜のサラダSセット」はプラス490円（税込）で提供されており、和風ドレッシングを添えた国産野菜サラダが手軽に摂取可能です。さらに、サイドメニュー変更の自由度が高い点もモスの強みであり、追加料金を支払うことでチキンやスープ類へのシフトも柔軟に対応されています。
なお、テイクアウト利用時の「モスバーガー セット 持ち帰り 価格」についてですが、モスバーガーでは店内飲食（消費税10%）と持ち帰り（消費税8%）の税込み総額を同額に設定する価格均一化ポリシーを継続しています。これにより、イートインでもテイクアウトでも支払総額が変わらない明朗会計が保たれています。
