施設利用を検討するにあたり、最も手続き上のトラブルが発生しやすいのが予約申込のスケジュールと利用料金の体系です。教育基本法および社会教育法に基づく公立の社会教育施設であるため、一般のレジャー宿泊施設や民間オートキャンプ場とは大きく異なるプロセスが存在します。
福井市少年自然の家の予約方法における基本原則は「段階的受付方式」です。新年度が始まる前の前年度秋から冬にかけて、福井市内の公立小中学校・義務教育学校の宿泊研修日程が最優先で確定されます。その後、市内の子ども会やスポーツ少年団などの登録青少年団体、続いて市外団体や一般利用者の枠が順次開放される仕組みです。利用希望日の3か月〜1か月前までに活動指導計画書や参加者名簿を提出し、事前の打ち合わせを完了させることが利用許可の必須条件となります。
続いて利用料金に関しては、地方自治体の条例に基づき設定されており、民間施設に比べて極めてリーズナブルな価格設定が維持されています。小中学生の教育利用においては、宿泊料や施設使用料が大幅に減免、もしくは無料となる措置が講じられており、青少年育成における公的インフラとしての役割を色濃く反映しています。一般利用や高校生以上の利用については所定の施設使用料やシーツ洗濯代などの実費負担が生じます。
