瀧原宮の創建は、第11代垂仁天皇の皇女・倭姫命（やまとひめのみこと）による天照大御神のご巡幸に遡ります。『倭姫命世紀』などの古記録によると、大和の笠縫邑を出御した神杖は、伊賀、近江、美濃、尾張を経て伊勢の地へと入りました。宮川を遡り、深山幽谷の地である大紀町滝原に至った倭姫命は、その清らかな滝原の地に仮宮を建てて皇大御神を祀られました。これが瀧原宮の起源とされ、数ある「元伊勢」伝承地の中でも極めて格式の高い別宮として位置づけられています。
宮域に足を踏み入れると、伊勢神宮内宮と驚くほど共通した地勢と空間構成に気づかされます。参道を進むと現れる清流「頓登川」の御手洗場は、内宮の五十鈴川御手洗場と全く同じ役割を担っています。深い杉木立に覆われた長い参道、玉砂利を踏みしめる音、川面を渡る冷涼な神気は、まさに内宮の縮図であり、内宮の原型とも称される所以です。
境内において特筆すべきは、瀧原宮と瀧原竝宮（たきはらならびのみや）の2社がほぼ同格の規模で並立している点です。瀧原宮には天照大御神御魂（和魂＝にぎみたま）、瀧原竝宮には天照大御神御魂（荒魂＝あらみたま）がそれぞれ祀られています。通常、内宮境内では荒祭宮として独立した丘の上に祀られる荒魂が、ここでは和魂と肩を並べるように鎮座しています。この配置様式は、古代における神祇信仰の息吹と、荒ぶる自然神の力を鎮め融和させようとした古代人の敬虔な祈りを今に伝えています。
