物語の第1部クライマックス「最後の事件」において、ウィリアムはロンドンの象徴たる建設中のタワーブリッジ（アニメ版ではビッグベン）の頂上から身を投げました。結論から言えば、ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは死亡しておらず、生存しています。
彼が飛び降りを選んだ理由は、自らの計画の最終段階にありました。貴族階級の腐敗を暴き、悪徳貴族を次々と手にかけてきた犯罪卿としての全責任と「悪名」を一心に背負い、最後は民衆の希望たる名探偵シャーロック・ホームズに自らを討たせる（あるいは自害する）ことで、全階級が手を取り合う平等な新時代を築くこと。つまり、最初から自らの死をもって贖罪を果たす「自死前提の計画」だったのです。
しかし、ウィリアムの孤独な覚悟を誰よりも理解していたシャーロックは、彼を一人で死なせることを拒絶しました。落下するウィリアムを追ってシャーロック自身も宙へ飛び出し、空中で彼を抱きしめながらテムズ川へと転落します。
川へ落ちた二人は、米国の秘密組織や関係者（ビリー・ザ・キッドやジャック・レンフィールドら）の迅速な手配によって極秘裏に救出されました。瀕死の重傷を負い、右目の視力を失うなどの深い代償を払ったものの、ウィリアムは一命を取り留め、アメリカ・ニューヨークの地で治療を受けることとなったのです。
