プライベートの家族関係も常に注目を集めてきました。ローワン・アトキンソンは1990年に元BBCメイクアップアーティストのスネトラ・サストリーと結婚し、一男一女をもうけましたが、2015年に離婚が成立しています。
実の娘であるリリー・サストリー(旧名:リリー・アトキンソン)は、抜群の歌唱力と美貌を活かしてシンガーソングライターやキャバレーパフォーマーとして活躍しており、映画『Mr.ビーン カンヌで大迷惑?!』や『ジョニー・イングリッシュ 気休めの報酬』で親子共演を果たした経歴を持ちます。
現在は約28歳年下の女優ルイーズ・フォードとパートナー関係にあり、2017年には二人の間に子どもが誕生しました。70代を迎えた今も、家庭と仕事の両面で充実したプライベートを築いています。