オリジナル版であるニンテンドーDS版『真・女神転生 STRANGE JOURNEY』から3DS版『DEEP STRANGE JOURNEY』への移行にあたり、プレイヤー体験を根底から変える多数の追加要素が実装されました。最大の変革は、謎の少女アレックスを巡る新シナリオの追加、完全新規ダンジョン「嘆きの胎」、そしてアライメント（属性）ごとに用意された合計3つの新エンディングです。
システム面では、ユーザーインターフェース（UI）の全面改訂に加え、ダンジョン内どこでもセーブ可能な機能や、3段階（難易度変更可能）のゲームバランス調整が導入されました。さらに、フルボイス化によってシュバルツバース調査隊の人間ドラマが臨場感豊かに描かれています。
ネット上のコミュニティやSNSにおけるディープストレンジジャーニーの評価・評判を分析すると、快適性の向上とシナリオの厚みに対して「現行機でもプレイしたい不朽の名作」と絶賛する声が圧倒的です。一方で、追加キャラクターや新エンディングの思想的アプローチに対しては、オリジナル版の救いのないドライな結末を愛する古参ファンと、登場人物の意志に救いを見出す新規ファンの間で熱い議論が交わされるなど、作品の持つ深遠さが再評価されています。
