病気との関連性を考える際も、両者の違いはアプローチの差となって現れる。
「染色体異常」は、本棚の巻き数が多かったり少なかったり、あるいは途中でページが大きく破れて別の巻にくっついてしまったりする巨視的なトラブルだ。ダウン症候群（21番染色体が1本多い）や、特定の白血病で見られる染色体転座などがこれに当たる。検査には顕微鏡レベルの構造観察やKaryotyping（核型分析）が用いられる。
一方の「遺伝子変異」は、本の中の数文字が誤植になっている微視的な状態を指す。BRCA1/2遺伝子の変異による遺伝性乳がん子宮がん症候群などが代表例だ。装丁（染色体）は完璧に見えても、中のテキストに1文字誤りがあるだけで、作られるタンパク質が機能不全に陥る。解析には文字配列を1文字ずつ読み解くDNAシーケンシングが必要となる。
